開發一個按需定制的貨運物流運輸平臺原生系統軟件，需要綜合考慮多個功能模塊和用戶需求。以下是一些關鍵的功能點：

1. 用戶賬戶管理

2. 注冊登錄: 允許用戶通過手機號、郵箱等方式進行注冊，并支持多種登錄方式。

3. 個人資料管理: 用戶可以更新個人信息，包括聯系方式、地址等。

4. 安全設置: 包括密碼修改、找回密碼等功能。

5. 貨物管理

6. 貨物錄入: 允許用戶錄入貨物的詳細信息，如重量、體積、描述等。

7. 貨物追蹤: 提供實時追蹤功能，讓用戶隨時了解貨物的位置和狀態。

8. 庫存管理: 對于倉儲型物流公司，需要有庫存管理功能。

9. 訂單管理

10. 訂單創建: 用戶可以創建新的運輸訂單，選擇服務類型（如快遞、零擔、整車）。

11. 訂單查詢: 用戶可以查詢歷史訂單信息，包括訂單狀態、費用明細等。

12. 訂單狀態更新: 系統應自動更新訂單狀態，并提供手動更改訂單狀態的功能。

13. 運輸管理

14. 路線規劃: 根據貨物的起點和終點，自動規劃優運輸路線。

15. 車輛調度: 根據訂單需求和車輛狀態，智能分配車輛和司機。

16. 運輸監控: 實時監控車輛位置和狀態，確保貨物安全及時到達。

17. 財務管理

18. 費用計算: 根據訂單詳情自動計算運費、附加費等。

19. 支付處理: 集成多種支付方式，方便用戶在線支付。

20. 發票管理: 提供電子發票申請和管理功能。

21. 客戶服務

22. 在線客服: 提供即時通訊工具，解答客戶疑問。

23. 投訴處理: 用戶可以提交投訴，客服團隊可以跟蹤處理進度。

24. 幫助中心: 提供常見問題解答和使用指南。

25. 報表統計

26. 業務報表: 生成各種業務報表，如訂單量、收入、成本等。

27. 運營分析: 分析運營數據，優化物流效率和服務質量。

28. 系統集成

29. API接口: 提供API接口，方便與其他系統（如ERP、WMS）集成。

30. 第三方登錄: 支持與主流社交平臺賬號綁定，實現快速登錄。

31. 移動應用

32. 跨平臺支持: 確保系統可以在iOS和Android平臺上運行。

33. 推送通知: 發送重要信息給用戶，如訂單狀態更新、優惠活動等。

34. 安全性與合規性

35. 數據加密: 保護用戶數據安全，防止泄露。

36. 權限控制: 不同角色的用戶擁有不同的操作權限。

37. 合規遵循: 確保平臺符合當地法律法規要求。

開發一個貨運物流運輸平臺原生系統軟件是一個復雜的過程，需要考慮到用戶體驗、業務流程、技術實現等多個方面。通過上述功能的實現，可以構建出一個滿足用戶需求、高效穩定的物流運輸平臺。